Durante el estudio que Isidoro Millán González Pardo realizó en 1983 sobre el mosaico que recubría desde el siglo II la sepultura apostólica, encontró criterios para estudiar con más detalle los estratos de pavimentación del mismo, además de facilitar datos para la confección de una maqueta del mausoleo. Por ello solicitó en 1988 nuevo permiso del Cabildo para entrar en el sepulcro y fotografiarlo pormenorizadamente para comprender mejor su evolución interna antes de su descubrimiento en el siglo IX por el obispo Teodomiro.
En el contexto de este nuevo análisis se produjeron dos valiosos hallazgos que han venido a atestiguar el valor de la tradición apostólica hispana sobre Los sepulcros del Apóstol Santiago y sus discípulos Atanasio y Teodoro.
Los sepulcros de los dos discípulos se sitúan en los lóculos que están a derecha e izquierda del pequeño pasillo de acceso al oratorio del edículo que limitan a uno y otro lado por medio de sus tabiques de ladrillo romano, que resultaban invisibles al observador por sendos pares de paneles que los cubrían. Para la realización de este nuevo análisis se retiraron las mamparas que cubren los lóculos y al hacerlo aparecieron sendos orificios que subsistían, íntegros y contrapuestos, en medio de las dos sepulturas. Eran dos aberturas perfectamente centradas y simétricas. Es fundamental precisar que se trataba de orificios imposibles de atribuir a un deterioro accidental ni a la actuación humana en el curso de la exploración arqueológica. Un estudio comparativo de arqueología paleocristiana, permitía identificar aquellos huecos como ventanitas o fenestellae de culto martirial.
Cabe pensar cómo fue posible que los estudios arqueológicos previos no hubiesen detectado estas aberturas y su significado martirial, pero al conocer el procedimiento que siguieron López Ferreiro y Labín Cabello en sus excavaciones de 1879, la explicación es evidente. En su primer acceso las sepulturas estaban rodeadas de escombros hasta su nivel superior, coincidente con un piso de baldosas cerámicas, que López Ferreiro interpretó entonces como el suelo originario de la cámara sepulcral. Así resultaba imposible concebir un culto martirial primitivo en tumbas que eran accesibles por su cubierta, mientras que estas fenestellas subterráneas permanecían ocultas. La cuestión fue que el proceso canónico en 1879 se centró prioritariamente en la autenticación de las 
reliquias sin detectar ni dar valor a estos huecos. Incluso en las excavaciones de Chamoso Lamas en 1950 tampoco fueron observados en principio, ya que tanto los corredores externos como el interior del edículo se encontraban cubierto de relleno de escombros. Al evacuar el escombro y verse los orificios Guerra Campos llegó a interpretar equivocadamente que, con intención exploradora, pudieron ser abiertos por López Ferreiro en 1879. No se había comprobado aún que los orificios eran originales del murete de ladrillo romano, levantado precisamente para delimitar el lóculo sepulcral de los discípulos, dejando de origen estos accesos para el uso martirial que se explica a continuación. Es decir que los huecos no fueron abiertos rompiendo el muro, sino que se diseñaron adrede al construir la pared, según se acredita más adelante.
Las Fenestellas martiriales desempeñan una función inequívocamente reconocible como testimonios arqueológicos de culto de los mártires y la veneración de sus tumbas. Desde los primeros tiempos del cristianismo se usan como forma o conductos de acceso a los cuerpos mismos de los mártires en sus tumbas, en los sitios de culto paleocristiano. La proximidad a sus restos, la contemplación visual de sus sepulcros o reliquias, el contacto físico con ellas, era ansia de los fieles que respondía 
al deseo de “ver y tocar lo santo”. A través de ellas se alcanzaba a ver o a comunicar con el lugar de sepultura del mártir, el martyrium, incluso se obtenía percepción inmediata de los sagrados restos, o permitía la introducción en el interior del sepulcro de tiras o lienzos o brandea, que servían luego de reliquias indirectas.
Otros procedimientos de culto paleocristiano eran la veneración con candelas o lucernas, o con inciensos y aroma; uno u otro se usaban en la conmemoración de sus aniversarios de natalicio o martirio. Los perfumes y bálsamos que se derramaban, y el persistente arder de las candelas, generaba un líquido que se recogía en ampullae como aceite santificado, y era natural que dejasen huellas de humo y carbonilla en las paredes de las sepulturas o las superficies de las piedras o las embocaduras de las fenestellas.
Fue durante la sesión de 1988 para obtención de medidas precisas para la realización de una maqueta, que se produjo estos dos determinantes hallazgos: un hueco de fenestella martirial taponado por una piedra en el ángulo superior Noroeste del lóculo Norte. La piedra contenía una inscripción colocada en posición inversa a la de lectura, con letras de rasgos rugosos que, entrevistos 
de lejos y con enfoque lateral, parecían meros rasguños en el granito pero que al invertir la posición de la diapositiva se detectó que contenía una insospechada inscripción que permitía ir deletreando los términos de ATHANASIOS/MARTYR, que fue detectada al proyectar las diapositivas y ver que no se trataba de meras rugosidades propias del granito.
Estamos pues ante un mausoleo sepulcral de factura romana del siglo I, con fenestellas martiriales que evidencian el culto a mártires cristianos sepultados en ellos. La evidencia arqueológica se refuerza en testimonios del año 961: “intraverunt in tumulum B. Jacobi… et dederunt sacrum juramentum per ipsius Corpun Apostoli et per omnes Sanctorum virtutes, quae ibi reconditae” [Entraremos en el túmulo del B. Apóstol Santiago…, daremos sagrado juramento por el mismo cuerpo del Apóstol y por todas las virtudes de los santos que allí están guardados].
Se practicaron cinco fenestellas que subsisten en los muros del pódium del mausoleo (el resto fue seccionado y eliminado por Gelmírez siglos antes). Tres de ellos daban hacia el exterior de la cámara sepulcral, al pasillo limitado por los muros envolventes del edículo. En uno de estos tres huecos, justamente en el muro norte, es el que contenía y conserva la inscripción de San Atanasio, grabada en 
la cara de una especie de piedra-tapón de esta fenestella exterior de la cámara sepulcral. Las otras dos se sitúan en los muros de ladrillo romano internos del edículo hacia el pasillo que conduce al altar donde hoy se sitúa la urna de plata.
Si atendemos al tramo occidental del lóculo norte o de San Atanasio, vemos que se trata de un murete con seis hiladas de ladrillo romano visto, con un orificio a modo de ventanita o fenestella, de bordes regulares, con un ladrillo superior descantillado y prolongado en arco para configurar la curvatura cimera del vano, y sin concierto en la alineación de los ladrillos puestos a uno y otro lado de la fenestella, acreditando que no se rasgó en un tabique ya construido, sino que se elaboró al tiempo de armar el tabique. 
Tanto este lóculo, como el opuesto, miden 2,00 m. de largo x 0,60 de alto x 0,60 de fondo, descontados los revestimientos (de 0,10 m.). Habían sido, pues, fabricado para sepultura de cuerpos enteros, no para restos óseos, y se creó la fenestella simultáneamente, es decir que se trataba de un mártir cristiano, sepultado allí en la segunda mitad del siglo I. Los vestigios del culto martirial dentro de ambos lóculos, pueden datar las fechas más probables del martirio e inhumación de los Discípulos del Apóstol (c.64-68 y c.95-97 p.C.) y la de creación del Pavimento II (c. 170-200 p.C.).
La aparición del título de San Atanasio, veintitrés días después de identificadas la fenestella, bien identificado en el calco que se hizo de la inscripción, viene a identificar la persona y época del mártir, Atanasio, confirmando la Tradición Jacobea de que se trataba de la sepultura del Apóstol Santiago y sus discípulos Atanasio y Teodoro. Cuando menos la inscripción nos asegura su nombre: Atanasio, idéntico al que la tradición atribuía al discípulo de Santiago enterrado a la izquierda del Apóstol, ATHANASIOS/MARTYR en dos líneas de clara cursiva griega en que dos de sus letras pertenecen al alfabeto hebreo que vinculan la inscripción con la criptográficas del Monte de los Olivos propia de la comunidad cristiana de Jerusalén del siglo I. Siendo ya importante la concordancia del nombre Atanasio con la 
Tradición, lo determinante son estas consideraciones epigráficas y las pruebas arqueológicas que revelan la gran prioridad temporal de los lóculos respecto al pavimento II de la cámara (170-200 d. de C.), de las que se desprende la datación de la sepultura o lóculo norte en el siglo I. De modo que este título sepulcral documenta que perteneció realmente a San Atanasio. La tradición queda confirmada por la arqueología y la epigrafía: el descubrimiento de Teodemiro en el siglo IX fue un hecho real.
En el reborde superior del arquito interior de la fenestella queda evidente vestigio de humo y carbonilla, solo explicable como residuos de la quema de perfumes e inciensos, revelando el culto martirial (figura 4).
Este culto martirial mediante quema de perfumes e introducción de telas o lienzos para obtención de reliquias por contacto (brandea), se realizaron hasta finales del siglo II, en que hay evidencia arqueológica de efectuarse la reforma de la cámara sepulcral, en que todo el espacio intermedio entre los lóculos se rellenó de tierra y escombros, conformando un espacio macizo sobre el que se asentó el Pavimento II con un piso de baldosas cerámicas. Desde esa fecha de las tumbas quedaron soterradas hasta el nivel referido, y no subsistió ya ninguna posibilidad de culto a través de las ocultas fenestellas.
En el interior del lóculo de San Atanasio, en el ángulo noroeste superior que forma con la pared de cabecera, se ve alojado un prisma pétreo de granito de cortas dimensiones (17,50 cm de alto por 22 cm de ancho), empleado como tapón de las fenestella abierta en el muro norte, en que se halla inscrito el epígrafe sepulcral de San Atanasio. Su posición original en la cara externa del muro, indicaba a los fieles que circulaban por el corredor septentrional del mausoleo, que se trataba de la sepultura de Atanasio, donde procedían los ritos devocionales privados, mientras que en los días clave (dies natalis y dies depositionis) se destapaba la fenestella y se realizaban las liturgias de culto colectivo.
Dado que este espacio ritual fue rellenado de tierra y escombro con la reforma del mausoleo que quedó cegado en este espacio sepulcral, tanto las fenestellas con sus evidencias de cenizas y calcinaciones, como la piedra-tapón que contenía la inscripción, permanecieron totalmente ocultas durante siglos.
Tras las excavaciones de 1879, al librarse de escombros los pasillos externos y la cámara sepulcral y disponerla para el culto público, para ganar una profundad que hiciera posible el acceso, se le rebajó el suelo, se abrió en medio del muro una puerta, introduciendo varias hiladas de sillares nuevos en su dintel y jambas. Y la piedra-tapón, de función aún ignorada, que apareció suelta, fue reutilizada dada su oportuna dimensión con un sentido práctico taponando nuevamente el hueco del muro por su cara interna y en posición inversa al de lectura de su inscripción, para reforzar el 
ángulo noroeste y rellenando el resto del conducto con piedra menuda y argamasa. De este modo la piedra-tapón y su inscripción quedó inaccesible hasta el hallazgo ocasionado por el detallado el estudio fotográfico que promovió Isidoro Millán González Pardo a fin de comprender mejor su evolución interna antes de su descubrimiento en el siglo IX por el obispo Teodomiro y para obtener medidas precisas de los distintos elementos mausoleo para la realización de una maqueta que realizaría después el canónigo don Segundo Mendoza.
Fuentes consultadas
-Hallazgo en el mausoleo del Apóstol Santiago del título sepulcral griego de su discípulo San Atanasio, Isidoro Millán González Pardo y Antonio Blanco Freijeiro, in Boletín de la Real Academia de la Historia, t. 186, cuad. 2, 1989, páxs. 209-220.
-Autenticación arqueológico-epigráfica de la Tradición Apostólica Jacobea. Isidoro Millán González Pardo. In VV.AA., El Camino de Santiago Camino de Europa (Curso de conferencias, El Escorial 22-26 julio de 1991), pp 45-105.
-El culto a los mártires y santos en la cultura cristiana: Origen, evolución y factores de su configuración. Rafael González Fernández. Kalakorikos Nº 5, 2000, págs. 161-186
-El misterio del apóstol Santiago. Mito y realidad del enigma jacobeo. Carlos García Costoya. Plaza y Janéz, 2004, pp 257-258
-Culto martirial y auto-representación en el mundo funerario a través de algunos ejemplos hispanos. Fernando López Cuevas. Arte, arqueología e historia. 2011, pp 1-12
-Historia, arte y culto de las reliquias en la Diócesis de León. Jorge Juan Fernández. Ateneo Leonés 2014, pp 43-45.
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Tradición Jacobea 